卧式喷雾干燥设备由于体系庞大，不能整体都放在洁净区域，经常只将收集物料的部分放在洁净区，这种情况下就要求系统密闭性能好，以防外部污染系统。卧式喷雾干燥设备喷雾干燥的产品为细粒子，容易形成粉尘。为适应环保的要求，只用目前常规配置的旋风分离器分离产品、净化尾气是不够的，还可以加用袋式除尘器净化，使尾气含尘量低于50毫克/立方纳米气体即可达标;或选用湿式洗涤器，将尾气含尘量降到15～35毫克/立方纳米气体。采用氮气做载体时，系统要注意密闭，排气口要引到室外。